À l'instar de tous les autres oligo-éléments, le manganèse participe à la levée et la croissance foliaire des cultures. Sans productivité foliaire adéquate, la croissance ralentit et le rendement diminue.
Les oignons sont très sensibles aux carences en manganèse. Les feuilles externes sont atteintes de chlorose striée interveinale qui dégénère en brûlure apicale, puis conduit à l'enroulement et à la nécrose des feuilles. La croissance ralentit, les plantes s'atrophient et la bulbaison est retardée. À maturité, les bulbes possèdent un collet épais. Les carences sont extrêmes sur les sols sableux et au pH élevé. Des insuffisances périodiques sont constatées dans les lits de semence mal consolidés ou sur les sols particulièrement secs.